python实现批量nii文件转换为png图像
人气:0之前介绍过单个nii文件转换成png图像:
这里介绍将多个nii文件(保存在一个文件夹下)转换成png图像。且图像单个文件夹的名称与nii名字相同。
import numpy as np import os #遍历文件夹 import nibabel as nib #nii格式一般都会用到这个包 import imageio #转换成图像 def nii_to_image(niifile): filenames = os.listdir(filepath) #读取nii文件夹 slice_trans = [] for f in filenames: #开始读取nii文件 img_path = os.path.join(filepath, f) img = nib.load(img_path) #读取nii img_fdata = img.get_fdata() fname = f.replace('.nii','') #去掉nii的后缀名 img_f_path = os.path.join(imgfile, fname) #创建nii对应的图像的文件夹 if not os.path.exists(img_f_path): os.mkdir(img_f_path) #新建文件夹 #开始转换为图像 (x,y,z) = img.shape for i in range(z): #z是图像的序列 silce = img_fdata[i, :, :] #选择哪个方向的切片都可以 imageio.imwrite(os.path.join(img_f_path,'{}.png'.format(i)), silce) #保存图像 if __name__ == '__main__': filepath = 'nii的文件夹' imgfile = 'image的文件夹' nii_to_image(filepath)
代码是我自己写的,用于处理ADNI的nii格式完全有效。
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