Ubuntu+python将nii图像保存成png格式
人气:0这里介绍一个nii文件保存为png格式的方法。
这篇文章是介绍多个nii文件保存为png格式的方法:
系统:Ubuntu 16.04
软件: python 3.5
先用pip安装nibabel、numpy、imageio、os。
import nibabel as nib import numpy as np import imageio import os def read_niifile(niifile): #读取niifile文件 img = nib.load(niifile) #下载niifile文件(其实是提取文件) img_fdata = img.get_fdata() #获取niifile数据 return img_fdata def save_fig(file): #保存为图片 fdata = read_niifile(file) #调用上面的函数,获得数据 (x,y,z) = fdata.shape #获得数据shape信息:(长,宽,维度-切片数量) for k in range(z): silce = fdata[k,:,:] #三个位置表示三个不同角度的切片 imageio.imwrite(os.path.join(savepicdir,'{}.png'.format(k)),silce) #将切片信息保存为png格式 dir = './.nii' #nii的路径 savepicdir = '' #保存png的路径 os.mkdir(savepicdir) #创建文件夹 save_fig(dir) #运行程序,保存为图像
不要忘记返回img_fdata,否则下一个文件会报错。
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