R语言绘制维恩图ggvenn

时间:2022-06-28 Wei_Sun 人气:0

引言

韦恩图，Venn diagram，常用图的一种，用来展示集合之间的特异性和共同性。现在有很多在线的网站都可以绘制，但是R来画也方便，其中ggvenn是基于ggplot2的专门绘制韦恩图的R包。

官方网站：https://github.com/yanlinlin82/ggvenn

1.安装

ggvenn在CRAN上，直接用Install.packages就可以完成安装：

&gt; install.packages("ggvenn")
&gt; library(ggvenn)

2.基础用法

ggvenn支持list和data.frame两种数据格式。这里以三个基因文件为例：

读取三个基因文件：

> set1<-read.csv("gene_a.csv")
> set2<-read.csv("gene_b.csv")
> set3<-read.csv("gene_c.csv")

提取每个文件的基因id，创建list：

> dat <- list( A = set1$gene_id,  B = set2$gene_id, C = set3$gene_id)

绘图：

> ggvenn(dat)

绘制部分list：

> ggvenn(dat, c("A", "B"))

3.图形美化

填充

fill_color：填充颜色
fill_alpha：填充透明度

边框

stroke_color：边框颜色
stroke_alpha：边框透明度
stroke_size：边框粗细
stroke_linetype：边框线的类型

集合名

set_name_color：集合名颜色
set_name_size：集合名字号

集合内文本

text_color：文本颜色
text_size：文本字号

百分比

show_percentage：TRUE or FALSE

> ggvenn(dat,show_percentage = T,
  stroke_color = "white",
  stroke_size = 0.5,
  fill_color = c("#E41A1C","#1E90FF","#FF8C00"),
  set_name_color =c("#E41A1C","#1E90FF","#FF8C00"), 
  set_name_size = 15,text_size=6)

4.提取交集部分并输出

> A_B <- as.data.frame(intersect(set1$gene_id, set2$gene_id))
> write.csv(A_B,"A_B_common_gene.csv",row.names = F)

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