R语言绘制哑铃图
黄小仙 人气:0又是一年春来到,小仙祝大家在新的一年开开心心、顺顺利利!
今天给大家分享的图是哑铃图(Dumbbell plot)。
Step1. 绘图数据的准备
首先要把你想要绘图的数据调整成R语言可以识别的格式,建议大家在excel中保存成csv格式。
作图数据格式如下:
Step2. 绘图数据的读取
data <- read.csv(“your file path”, header = T, check.names=F) #注释:header=T表示数据中的第一行是列名,如果没有列名就用header=F #注释:R读取数据的时候,默认会把列名里的空格变成 ".",check.names=F就不会变了
Step3. 绘图所需package的安装、调用
library(ggplot2) library(reshape2) # 注释:package使用之前需要调用
Step4. 绘图
data_melt <- melt(data,id.vars = "Gene") # 注释:将原始的宽数据变成长数据,方便画图 p <- ggplot(data_melt,aes(x = value, y = Gene)) + geom_line(aes(group = Gene)) + geom_point(aes(fill = variable), size = 3) p
注意改变点颜色的语句fill = variable没有发挥作用,为什么呢?
还是跟geom_point()中的shape有关系,默认是16号实心原点,只有color参数
p <- ggplot(data_melt,aes(x= value, y= Gene)) + geom_line(aes(group = Gene)) + geom_point(aes(color = variable), size = 3) p
改变size的大小
p <- ggplot(data_melt,aes(x= value, y= Gene)) + geom_line(aes(group = Gene)) + geom_point(aes(color = variable, size = value)) p
调整顺序
order <- c("Gene1","Gene2","Gene3","Gene4","Gene5","Gene6","Gene7","Gene8","Gene9","Gene10") p <- ggplot(data_melt,aes(x= value, y= Gene)) + geom_line(aes(group = Gene)) + geom_point(aes(fill=variable), shape = 21, size = 3) + scale_y_discrete(limits = order) p
Gene1放在y轴最上面
order <- rev(order) p <- ggplot(data_melt,aes(x= value, y= Gene)) + geom_line(aes(group = Gene)) + geom_point(aes(fill=variable), shape = 21, size = 3) + scale_y_discrete(limits = order) p
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