python 高级形态学处理 python数字图像处理之高级形态学处理
denny402 人气:0形态学处理，除了最基本的膨胀、腐蚀、开/闭运算、黑/白帽处理外，还有一些更高级的运用，如凸包，连通区域标记，删除小块区域等。
1、凸包
凸包是指一个凸多边形，这个凸多边形将图片中所有的白色像素点都包含在内。
函数为：
skimage.morphology.convex_hull_image(image)
输入为二值图像，输出一个逻辑二值图像。在凸包内的点为True, 否则为False
例：
import matplotlib.pyplot as plt
from skimage import data,color,morphology
#生成二值测试图像
img=color.rgb2gray(data.horse())
img=(img<0.5)*1
chull = morphology.convex_hull_image(img)
#绘制轮廓
fig, axes = plt.subplots(1,2,figsize=(8,8))
ax0, ax1= axes.ravel()
ax0.imshow(img,plt.cm.gray)
ax0.set_title('original image')
ax1.imshow(chull,plt.cm.gray)
ax1.set_title('convex_hull image')
convex_hull_image()是将图片中的所有目标看作一个整体，因此计算出来只有一个最小凸多边形。如果图中有多个目标物体，每一个物体需要计算一个最小凸多边形，则需要使用convex_hull_object（）函数。
函数格式：skimage.morphology.convex_hull_object(image,neighbors=8)
输入参数image是一个二值图像，neighbors表示是采用4连通还是8连通，默认为8连通。
例：
import matplotlib.pyplot as plt
from skimage import data,color,morphology,feature
#生成二值测试图像
img=color.rgb2gray(data.coins())
#检测canny边缘,得到二值图片
edgs=feature.canny(img, sigma=3, low_threshold=10, high_threshold=50)
chull = morphology.convex_hull_object(edgs)
#绘制轮廓
fig, axes = plt.subplots(1,2,figsize=(8,8))
ax0, ax1= axes.ravel()
ax0.imshow(edgs,plt.cm.gray)
ax0.set_title('many objects')
ax1.imshow(chull,plt.cm.gray)
ax1.set_title('convex_hull image')
plt.show()
2、连通区域标记
在二值图像中，如果两个像素点相邻且值相同（同为0或同为1），那么就认为这两个像素点在一个相互连通的区域内。而同一个连通区域的所有像素点，都用同一个数值来进行标记，这个过程就叫连通区域标记。在判断两个像素是否相邻时，我们通常采用4连通或8连通判断。在图像中，最小的单位是像素，每个像素周围有8个邻接像素，常见的邻接关系有2种：4邻接与8邻接。4邻接一共4个点，即上下左右，如下左图所示。8邻接的点一共有8个，包括了对角线位置的点，如下右图所示。
在skimage包中，我们采用measure子模块下的label（）函数来实现连通区域标记。
函数格式：
skimage.measure.label（image,connectivity=None)
参数中的image表示需要处理的二值图像，connectivity表示连接的模式，1代表4邻接，2代表8邻接。
输出一个标记数组（labels), 从0开始标记。
import numpy as np
import scipy.ndimage as ndi
from skimage import measure,color
import matplotlib.pyplot as plt
#编写一个函数来生成原始二值图像
def microstructure(l=256):
n = 5
x, y = np.ogrid[0:l, 0:l] #生成网络
mask = np.zeros((l, l))
generator = np.random.RandomState(1) #随机数种子
points = l * generator.rand(2, n**2)
mask[(points[0]).astype(np.int), (points[1]).astype(np.int)] = 1
mask = ndi.gaussian_filter(mask, sigma=l/(4.*n)) #高斯滤波
return mask > mask.mean()
data = microstructure(l=128)*1 #生成测试图片
labels=measure.label(data,connectivity=2) #8连通区域标记
dst=color.label2rgb(labels) #根据不同的标记显示不同的颜色
print('regions number:',labels.max()+1) #显示连通区域块数(从0开始标记)
fig, (ax1, ax2) = plt.subplots(1, 2, figsize=(8, 4))
ax1.imshow(data, plt.cm.gray, interpolation='nearest')
ax1.axis('off')
ax2.imshow(dst,interpolation='nearest')
ax2.axis('off')
fig.tight_layout()
plt.show()
在代码中，有些地方乘以1，则可以将bool数组快速地转换为int数组。
结果如图：有10个连通的区域，标记为0-9
如果想分别对每一个连通区域进行操作，比如计算面积、外接矩形、凸包面积等，则需要调用measure子模块的regionprops（）函数。该函数格式为：
skimage.measure.regionprops(label_image)
返回所有连通区块的属性列表，常用的属性列表如下表：
| 属性名称 | 类型 | 描述 |
| area | int | 区域内像素点总数 |
| bbox | tuple | 边界外接框(min_row, min_col, max_row, max_col) |
| centroid | array | 质心坐标 |
| convex_area | int | 凸包内像素点总数 |
| convex_image | ndarray | 和边界外接框同大小的凸包 |
| coords | ndarray | 区域内像素点坐标 |
| Eccentricity | float | 离心率 |
| equivalent_diameter | float | 和区域面积相同的圆的直径 |
| euler_number | int | 区域欧拉数 |
| extent | float | 区域面积和边界外接框面积的比率 |
| filled_area | int | 区域和外接框之间填充的像素点总数 |
| perimeter | float | 区域周长 |
| label | int | 区域标记 |
3、删除小块区域
有些时候，我们只需要一些大块区域，那些零散的、小块的区域，我们就需要删除掉，则可以使用morphology子模块的remove_small_objects（)函数。
函数格式：skimage.morphology.remove_small_objects(ar,min_size=64,connectivity=1,in_place=False)
参数：
ar: 待操作的bool型数组。
min_size: 最小连通区域尺寸，小于该尺寸的都将被删除。默认为64.
connectivity: 邻接模式，1表示4邻接，2表示8邻接
in_place: bool型值，如果为True,表示直接在输入图像中删除小块区域，否则进行复制后再删除。默认为False.
返回删除了小块区域的二值图像。
import numpy as np import scipy.ndimage as ndi from skimage import morphology import matplotlib.pyplot as plt #编写一个函数来生成原始二值图像 def microstructure(l=256): n = 5 x, y = np.ogrid[0:l, 0:l] #生成网络 mask = np.zeros((l, l)) generator = np.random.RandomState(1) #随机数种子 points = l * generator.rand(2, n**2) mask[(points[0]).astype(np.int), (points[1]).astype(np.int)] = 1 mask = ndi.gaussian_filter(mask, sigma=l/(4.*n)) #高斯滤波 return mask > mask.mean() data = microstructure(l=128) #生成测试图片 dst=morphology.remove_small_objects(data,min_size=300,connectivity=1) fig, (ax1, ax2) = plt.subplots(1, 2, figsize=(8, 4)) ax1.imshow(data, plt.cm.gray, interpolation='nearest') ax2.imshow(dst,plt.cm.gray,interpolation='nearest') fig.tight_layout() plt.show()
在此例中，我们将面积小于300的小块区域删除（由1变为0），结果如下图：
4、综合示例：阈值分割+闭运算+连通区域标记+删除小区块+分色显示
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
import matplotlib.patches as mpatches
from skimage import data,filter,segmentation,measure,morphology,color
#加载并裁剪硬币图片
image = data.coins()[50:-50, 50:-50]
thresh =filter.threshold_otsu(image) #阈值分割
bw =morphology.closing(image > thresh, morphology.square(3)) #闭运算
cleared = bw.copy() #复制
segmentation.clear_border(cleared) #清除与边界相连的目标物
label_image =measure.label(cleared) #连通区域标记
borders = np.logical_xor(bw, cleared) #异或
label_image[borders] = -1
image_label_overlay =color.label2rgb(label_image, image=image) #不同标记用不同颜色显示
fig,(ax0,ax1)= plt.subplots(1,2, figsize=(8, 6))
ax0.imshow(cleared,plt.cm.gray)
ax1.imshow(image_label_overlay)
for region in measure.regionprops(label_image): #循环得到每一个连通区域属性集
#忽略小区域
if region.area < 100:
continue
#绘制外包矩形
minr, minc, maxr, maxc = region.bbox
rect = mpatches.Rectangle((minc, minr), maxc - minc, maxr - minr,
fill=False, edgecolor='red', linewidth=2)
ax1.add_patch(rect)
fig.tight_layout()
plt.show()
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