解决R语言报错:Error in y + 1:non-numeric argument to binary operator

时间:2022-11-05 白尔特人气:0

因为花了2天半才解决，中间痛苦的寻找，记录一下解决的流程与经验

报错信息：

1Error in y + 1 : non-numeric argument to binary operator

报错原因：

数据不是可计算的 numeric 或 integer 类型

原代码：

图片描述

a = read.table(file = study.txt", sep = "\t",
  header = T, row.names = 1
  )
class(a[3, 3])    # integer
aa = t(d)
class(aa[3, 3])   # character
b = sparcc(aa)
# 出现报错
Error in y + 1 : non-numeric argument to binary operator

报错原因解析：

1. 转置后数据类型变为character，因为numeric数据中存在character类型的脏数据

（原因：转置函数t() 是先将dataframe转换为矩阵matrix，而matrix只有一种数据类型。所以如果存在character，所有数据都会被转换成character）

如何发现是否有character脏数据：

read.table设置参数colClasses = “numeric”（确保数据框内只有numeric类型）

a = read.table(file = study.txt", sep = "\t",
  header = T, row.names = 1
  colClasses = "numeric"   # 添加的参数
  )
  
  # 出现报错
  Error in scan(file = file, what = what, sep = sep, quote = quote, dec = dec,  : 
  scan() expected 'a real', got 'f__Cenarchaeaceae'

报错意为数据框内存在“f__Cenarchaeaceae”，不属于numeric

查看txt内部

2. 引入character脏数据的原因

# 后续分析需要：设置data第一列列名为空格
genus <- data[1]
colnames(genus) <- " "
# 根据列名提取子集
 a <- subset(data, select = (disID[, 1]))

subset()函数将列名为空格blank 的也提取了，导致了character脏数据的进入

总结

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