python读取dicom图像示例(SimpleITK和dicom包实现)
人气:21. 用SimpleITK读取dicom序列:
import SimpleITK as sitk import numpy as np img_path='F:\\dataset\\pancreas\\Output\\thick\\original\\1' mask_path='F:\\dataset\\pancreas\\Output\\thick\\groundtruth\\1' reader = sitk.ImageSeriesReader() img_names = reader.GetGDCMSeriesFileNames(img_path) reader.SetFileNames(img_names) image = reader.Execute() image_array = sitk.GetArrayFromImage(image) # z, y, x reader = sitk.ImageSeriesReader() mask_names = reader.GetGDCMSeriesFileNames(mask_path) reader.SetFileNames(mask_names) mask = reader.Execute() mask_array = sitk.GetArrayFromImage(mask) # z, y, x
2. 用dicom读取单张dicom图像并显示:
import dicom import pylab ds=dicom.read_file("F:\\dataset\\pancreas\\Output\\thick\\groundtruth\\1\\FILE0001_seg.dcm") pixel_bytes = ds.PixelData ##CT值组成了一个矩阵 pix = ds.pixel_array ##读取显示图片 pylab.imshow(ds.pixel_array, cmap=pylab.cm.bone) pylab.show() 如果要对dicom图像中的像素值进行修改,继续执行以下代码: ##修改图片中的元素,不能直接使用data_array,需要转换成PixelData for n,val in enumerate(ds.pixel_array.flat): # example: zero anything < 300 if val < 300: ds.pixel_array.flat[n]=0 ds.PixelData = ds.pixel_array.tostring() ds.save_as("newfilename.dcm")
3. 此外,用pydicom也可读取dicom图像
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