从零开始学生信-meme的使用

上一章讲了meme的安装，本章进行使用的讲解，需要快捷食用本章节的请关注公众号：生物信息分析学习

 

 

meme的使用，网上有很多例子。

1. 网页版：快捷方便，一台电脑同时可以申请运行四个任务。

先进入网站：http://meme-suite.org/tools/streme

 

 想用什么套件选什么，一目了然。

不懂可以参考手册：

 

 这是上一章为什么一定想装streme的原因（因为meme只愿意支持50个sequences，虽然多少都能跑，但是好像不太对）。

streme提交的参数如下：

• streme --verbosity 1 --oc . --dna --p cLN.bed_3.fa --minw 5 --maxw 30 --pvt 0.05 --dfile description --totallength 1e7 --time 18000

只有minw和maxw是自己设置的，minw=5 因为我的文件最短的sequence是5（其实一般设置6或者8），maxw=30 因为网页版最大支持30.

命令行版本如下：

meme $1 -dna -oc . -nostatus -time 18000 -mod zoops -nmotifs 1000 -minw 5 -maxw 50 -objfun classic -revcomp -markov_order 0 -evt 0.05 -o $1.meme

其中$1为你的序列文件，注意不要出现ATCGN以外的字符（网页版的会报错，命令行的没有尝试）。

E-value设置为0.05以内，否则结果也不可信，还浪费时间。

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现在看一下meme和streme的结果：

meme命令行的结果：

 

 streme的网页版结果：

 

 明显，meme的结果是异常的，同时我手动搜索过motif序列，meme中只有两个sites的motif，实际上存在于很多序列中。